CRISPR is een afkorting voor Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats. Samen met het enzym Cas9, een soort moleculaire schaar, vormt dit het bacteriële verdedigingsmechanisme tegen virussen. Het CRISPR-systeem slaat DNA op van alle voorgaande confrontaties met virussen, en het Cas9-eiwit kan dit DNA bij een volgende confrontatie kapot knippen. 

In 1993 ontdekte Francisca Mojica wat de CRISPR-locus was. Samen met Ruud Jansen van de Universiteit Utrecht stelde hij de afkorting Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) voor. In 2007 werd de samenwerking tussen CRISPR en het enzym Cas9 ontdekt, toen bleek dat de bacterie S. thermophilus resistent was voor een bacteriofaag nadat er een fragment van het genoom van het virus was toegevoegd aan het CRISPR-systeem. 

Dat dit afweermechanisme ook gemodificeerd kon worden, werd ontdekt door de wetenschappers Jennifer Doudna (Universiteit van Californië) en Emmanuelle Charpentier (Max Planck Institut Berlijn). In 2012 lukte het ze voor het eerst om het Cas9-eiwit precies te laten doen wat ze wilden. Op deze manier kon heel secuur op een bepaalde plek in het DNA geknipt en geplakt worden. In 2020 kregen Doudna en Charpentier de Nobelprijs voor Scheikunde voor hun baanbrekende onderzoek.