Juist omdat de mogelijkheden met CRISPR/Cas zo enorm zijn, brengt deze techniek ook grote risico's met zich mee. 

 

Onnauwkeurige modificatie 

Het komt weleens voor dat er in een ander stuk DNA wordt geknipt dan alleen het dsDNA. Dit kan grote gevolgen hebben, omdat de verandering van een basenpaar de volledige DNA-sequentie al verandert. 
Bij de geneeskunde is dit een groot probleem, maar bij de plantenveredeling maakt een verkeerd knipje niet zo'n groot verschil. 

 

Bioterreur 

CRISPR/Cas maakt het mogelijk om een virus te ontwikkelen dat alleen bij een specfiieke groep mensen ernstige gevolgen heeft.

 

Sociale ongelijkheid 

Als het mogelijk wordt om je genen te wijzigen, kunnen er 'supermensen' gemaakt worden. Dit kan leiden tot grote verschillen in de samenleving, zeker ook omdat waarschijnlijk alleen de rijken zich dergelijke technieken kunnen veroorloven. 

 

Onzekerheid 

De evolutie waarin het menselijk DNA is ontstaan, is een proces geweest van honderden miljoenen jaren. Als we daar nu zomaar op ingrijpen, zou dat enorme onvoorziene gevolgen kunnen hebben. 

Bij gene drive kunnen eventuele verkeerde mutaties niet meer teruggedraaid worden, omdat de mutatie dan door de gehele populatie verspreid is. 

 

Regelgeving rondom CRISPR/Cas 

Het Europese Hof van Justitie heeft in 2018 besloten dat de nieuwe technieken onder de wetgeving voor genetisch gemodificeerde organismen (GMO) vallen. Genetisch gemodificeerde organismen moeten door deze regels erg veel onderzoeken doorlopen. In andere landen, zoals de Verenigde Staten, Canada en China, is CRISPR/Cas niet belemmerd door dit soort wetten.  

De Europese Commissie brengt in juni 2023 een voorstel uit voor vernieuwde wet- en regelgeving rondom nieuwe genoomtechnieken, omdat de GMO-wet, opgesteld in 2001, niet meer past bij de ontwikkelingen op het gebied van genetische modificatie.